Roy Salam dari Forum Indonesia untuk Transparansi Anggaran (FITRA) berpendapat bahwa 12 persen alokasi untuk anggaran pendidikan, yang diambil dari keseluruhan anggaran nasional, gagal untuk menjamin terselenggaranya pendidikan umum gratis. Dari dana operasional sekolah yang disponsori negara ini tiap siswa sekolah dasar (SD) setiap tahunnya memperoleh Rp254.000 (US$27.60) dan siswa sekolah menengah pertama (SMP) mendapat Rp354.000 per tahun. Ini semua hanya memenuhi 30 persen dari biaya pendidikan mereka.

Ade Irawan  dari Koalisi Pendidikan menyatakan, “Jumlah idealnya haruslah Rp1.8 juta untuk tiap siswa SD tiap tahunnya, dan Rp2,7 juta untuk tiap siswa SMP setiap tahun untuk memungkinkan mereka memperoleh pendidikan gratis.” “Kendatipun jika biaya sekolah gratis, banyak macam pembayaran untuk ini dan itu diperlukan, seperti pembelian wajib buku pelajaran baru setiap tahunnya,” kata Jumono, ayah dari seorang siswa di SD Malakajaya 19 Klender, Jakarta Timur. Ade menunjukkan adanya masalah lain terkait dana operasional ini. “Kita bahkan tidak tahu berapa banyak sekolah yang menolak dana operasional ini, jadinya kita juga tidak tahu kemana perginya uang yang tidak terpakai itu,” katanya.

Akan tetapi, juru bicara Departemen Pendidikan Nasional, Bambang Wasito Adi, menerangkan bahwa Depdiknas melaporkan daftar-daftar sekolah yang bersedia mengambil dana ini kepada Departemen Keuangan, yang kemudian mentransfer uang tersebut langsung ke sekolah-sekolah. “Jika anggaran yang diberikan melebihi keperluan, kami mengembalikannya pada Departemen Keuangan,” katanya.

Ade mengatakan bahwa masalah sebenarnya adalah bahwa pemerintah tidak punya komitmen yang kuat untuk mengalokasikan sampai dengan 20 persen dari anggarannya untuk pendidikan. “Mereka nampaknya tak begitu peduli pada investasi jangka panjang seperti pendidikan, dan justru lebih peduli pada investasi jangka pendek,” katanya. 

Untuk menangani masalah ini, organisasi-organisasi swasta seperti Sampoerna Foundation telah menyusun beragam program untuk mengembangkan akses pendidikan dan meningkatkan kualitasnya. Lin Che Wei, chief executive officer dari Sampoerna Foundation, berkata: “ Kami harapkan program-program Sampoerna Foundation akan mengakomodasi perlunya menyediakan akes untuk pendidikan tinggi bagi orang-orang yang paling tidak beruntung di Indonesia, karena pemerintah tidak menawarkan biaya gratis.